基因组学与应用生物学杂志

人HLA-DPB1基因及蛋白的生物信息学分析

关键词: 生物信息学  蛋白质结构  免疫  

HLA-DPB1是MHC区域基因编码的跨膜糖蛋白,是人类免疫系统的重要组成部分。本研究采用生物信息数据库和分析软件对人HLA-DPB1基因的结构、单核苷酸多态性位点(SNP)、蛋白的理化特性、跨膜结构域、信号肽、亚细胞定位、二级结构、三级结构、磷酸化位点、组织表达情况及蛋白相互作用网络进行预测分析。结果表明,人HLA-DPB1基因位于6号染色体,有8种...

牙鲆fmr1基因的分子特征与表达分析

关键词: 牙鲆  fmr1  性腺发育  高温  

脆性X智力低下1号基因(fragile X mental retardation 1,fmr1)编码的蛋白FMRP是一种RNA结合蛋白,当fmr1基因缺失时雌鼠卵巢中卵泡数目减少、生殖功能会降低。牙鲆(Paralichthys olivaceus)是中国重要的海水经济鱼类,其性腺发育一直颇受关注。为了探讨fmr1基因在牙鲆性腺发育中的作用,本研究运用生物信息学方法分析了fmr1基因的分子结构与进化特...

病毒灭活疫苗诱导云斑尖塘鳢脾脏转录组分析

关键词: 云斑尖塘鳢  转录组  传染性脾肾坏死病毒  鳜弹状病毒  免疫应答  

为阐明云斑尖塘鳢对病毒灭活疫苗的免疫应答机制,本研究采用RNA-sequencing技术结合生物信息学方法分析了传染性脾肾坏死病毒、鳜弹状病毒二联灭活疫苗接种云斑尖塘鳢后脾脏转录谱。分别构建疫苗接种后7 d、14 d脾脏cDNA文库并对其进行高通量测序,共获得85547条Unigenes,其中32386条Unigenes被注释;共筛选得到13593个差异表达基因,其中免疫后7 d...

翘嘴鳜转录组测序及SSR新标记的开发与应用

关键词: 翘嘴鳜  转录组  ssr  遗传多样性  

为探讨翘嘴鳜转录组测序及SSR位点的分布和序列特征,为翘嘴鳜的SSR新标记开发及遗传研究提供便利,本研究利用高通量测序技术平台Illumina HiSeq 2500对翘嘴鳜(Sinipreca chuatsi)肌肉组织进行转录组测序及数据组装和分析,并对获得的Unigenes进行SSR检索和分析。研究共获得41533736条高质量Reads,组装为138728条平均长度为808.94 bp的非冗余Unige...

PGC-1α敲降对斑马鱼细胞冷应激过程的影响

关键词: zf4  细胞  低温刺激  ros  线粒体膜电位  

过氧化物酶体增殖物激活受体γ(peroxisome proliferator activated receptorγ,PPARγ)辅助激活因子1α(PPARγcoactivator-1α,PGC-1α)作为一个重要的转录激活因子,参与多种生理活动的调节。本研究探究了PGC-1α在斑马鱼(Danio rerio)ZF4细胞(胚胎发育3 d成纤维样细胞)冷应激过程中所起的作用。通过慢病毒质粒转染干扰PGC-1α基因的表达,并用嘌呤霉素...

中华鳖figlα基因的克隆及其在性腺中的表达分析

关键词: 中华鳖  基因  mrna  表达分析  卵子发生  精子发生  

为解析中华鳖figlα基因功能及其对配子生成的作用机制,本研究开展了中华鳖figlα基因的cDNA序列克隆及其mRNA表达模式分析。克隆获得的figlα基因cDNA序列为714 bp,包含长72个碱基的3'UTR和长642个碱基的开放阅读框(open reading frame,ORF),共编码213个氨基酸。中华鳖Figlα蛋白序列与西部锦龟Figlα蛋白的同源性高达93%,且包含一个Figlα蛋白高度保...

鰤鱼诺卡氏菌感染乌斑杂交鳢的组织病理学研究

关键词: 鰤鱼诺卡氏菌  乌斑杂交鳢  人工感染  ld50病理切片  

人工养殖乌斑杂交鳢(Channa maculate♀×C.argus♂)受鰤鱼诺卡氏菌(Nocardia seriolae)侵害日益严重,为深入研究该菌的致病机理,鰤鱼诺卡氏菌感染乌斑杂交鳢的感染模型亟待建立。本研究通过对菌液浓度与吸光值、半致死剂量、组织病理学和病理组织切片等方面进行研究。结果表明菌液浓度为4.75×10^4~4.75×10^7 cfu/mL范围时与其吸光值呈线性关系。...

斜带石斑鱼肠道乳酸菌的分离、鉴定及特性分析

关键词: 乳酸菌  斜带石斑鱼  生物特性  抑菌谱  药敏性  

从健康斜带石斑鱼肠道中分离出3株形态特征不同的菌株,经革兰氏染色、氧化酶及触酶反应筛选出3株革兰氏阳性球菌,通过生化鉴定和16S rRNA测序结果发现他们分别为粪肠球菌、乳酸片球菌和乳酸乳球菌,命名为WYZ-1、WYZ-2和WYZ-3。选取嗜水气单胞菌、溶藻弧菌、副溶血弧菌、哈氏弧菌以及大肠杆菌以琼脂扩散法测定WYZ-1、WYZ-2和WYZ-3的抑菌活性,结果...

饵料对不同规格红螯螯虾生长的影响

关键词: 饵料  生长  植物性饲料  

瘤背石磺肌肉胶原蛋白提取工艺优化及其结构特征分析

关键词: 瘤背石磺  胶原蛋白  提取工艺  结构特征  

在酸性条件下,用胃蛋白酶酶解瘤背石磺肌肉并提取胶原蛋白,采用正交试验法确定提取胶原蛋白的最佳工艺,利用SDS-PAGE、红外扫描、氨基酸组成分析方法综合分析瘤背石磺肌肉胶原蛋白的基本结构特征。实验结果显示,酶解温度为35℃,酶添加量8 mg/mL,酶解时间24 h时,提取率最大为73.09%。所制备的胶原蛋白由3条肽链构成,纯度高,几乎不含杂带,甘氨酸含...

努比亚山羊BMPRⅠB基因5'UTR多态性与产羔性状的关联分析

关键词: 努比亚山羊  基因  产羔性状  多态性  

为提高山羊产羔性能提供更多的基因信息,筛选出与山羊产羔性状相关的分子标记,本研究以努比亚山羊为试验材料,颈静脉采血后,提取血液全基因组DNA,根据NCBI GenBank山羊BMPRⅠB基因序列(NC-030813.1)设计引物,采用DNA池法结合PCR产物测序方法检测BMPRⅠB基因的多态性,结果发现BMPRⅠB基因5'UTR第469位发生T→C突变。采用限制性内切酶片段长度多态...

Twist2和Prrx1标记的间充质细胞对DSS诱导的小鼠结直肠炎的治疗

关键词: 间充质干细胞移植  结直肠炎  小鼠  

间充质干细胞(mesenchymal stem cells,MSC)具有多分化潜能,免疫调节能力并且不具有免疫原性,这些特性使得它成为许多疾病的潜在治疗药物。为了研究不同间质细胞亚群对结肠炎的治疗效果,本研究采用Twist2和Prrx1标记的间充质细胞,通过不同移植方法来探究对葡聚糖硫酸钠(dextran sulphate sodium,DSS)诱导的小鼠结直肠炎的治疗效果。将30只10周龄...

重金属与霉菌毒素对动物细胞DNA甲基化的影响

关键词: dna  甲基化  重金属中毒  霉菌毒素  

相对于其他表观遗传学机制,DNA甲基化的研究最深入。相关研究表明,在机体的生长发育和疾病的发生发展中DNA甲基化起着重要的作用。表观遗传学中的DNA甲基化、组蛋白修饰和染色质构型重塑一起参与了基因的转录调控。在饲料原料和人类食品中存在的重金属和霉菌毒素会对动物和人类健康造成严重威胁。研究发现DNA甲基化状态可被环境中多种重金属污染...

单细胞转录组测序及其在神经系统研究中的应用

关键词: 单细胞转录组测序  神经细胞异质性  分子分类  神经性疾病  

哺乳动物神经系统的转录组学研究,可以从分子水平分析基因表达模式,并作为细胞形态学和电生理学等传统研究方法的补充。传统的多细胞转录组测序只能获取细胞群体的平均特征,掩盖了单个细胞之间的异质性。单细胞转录组测序可以分析神经系统中的基因表达,发现其中的可变剪切和新转录本,为神经系统的分子分类以及探究神经退化机制等方面带来更深层...

Pseudomonas protegens H78 中Crc 调控基因突变的转录组学分析

关键词: pseudomonas  protegens  h78  crc  转录组  藤黄绿菌素  

转录后调控子Crc蛋白(Catabolite repression control protein)在防御假单胞菌(Pseudomonas protegens)H78中发挥着重要的代谢调控作用。运用RNA-seq(RNA sequencing)技术,针对H78野生型和H78Δcrc突变株开展比较转录组学研究,利用COG(Clusters of orthologous groups of proteins)、KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)数据库对受到C...

板栗疫病菌RasGAP 基因的功能研究

关键词: 板栗疫病菌  rasgap  基因  产孢  产色素  

Ras超家族蛋白的生化功能是催化GTP的水解,为生命体提供能量。RasGAP是Ras蛋白激活子,可提高Ras蛋白对GTP的水解能力。本研究利用同源双交换的方法成功构建了板栗疫病菌RasGAP基因的缺失突变株ΔRasGAP。与野生型菌株EP155及敲除出发菌株Δcpku80相比,ΔRasGAP突变体的菌丝形态、漆酶分泌、致病力和对低毒病毒复制的支持均无明显变化。但ΔRasGAP的...

稻瘟病菌分泌小蛋白对氮素营养的响应

关键词: 稻瘟病菌  分泌小蛋白  氮素营养  

病原菌在侵染寄主过程中会经历氮饥饿的过程,而在这一过程中有大量的寄主植物和病原菌基因表达。为了明确稻瘟菌分泌蛋白基因的表达是否受外界不同氮源的影响,本研究开展了稻瘟病菌预测小分泌蛋白在不同氮源及稻瘟病菌与水稻互作中的表达。首先利用生物信息学软件分析稻瘟病菌基因组,选择了12个预测的小分泌蛋白编码基因。利用Real-time RT-PCR...

一株人源假小链双歧杆菌缓解小鼠DSS致溃疡性结肠炎

关键词: 假小链双歧杆菌  dss致急性溃疡性结肠炎  肠道菌群  益生菌  

肠道菌群在炎症性肠病(inflammatory bowel disease,IBD)发生发展中十分重要,通过补充有益菌预防和治疗IBD是有潜力的手段。因此,仍需发现和筛选更多能够改善IBD的益生菌。假小链双歧杆菌C95菌株是从一名肥胖儿童膳食干预后的粪便样品中分离而来,已被证明在宿主慢性炎症降低及相关的肥胖等表型改善中有重要作用。本研究探究C95菌株对葡聚糖硫酸...

豆豉中的一株产酒精细菌分离筛选鉴定及其碳源氮源的优化

关键词: 曲霉型豆豉  筛选  产酒精细菌  鉴定  优化  

传统曲霉型豆豉是一种以黑豆为基础发酵原料,经过制曲和发酵两个阶段制作而成。制曲阶段为发酵阶段提供一些酶和营养物质,发酵阶段主要产生风味物质和功能营养物质。通过TTC培养基鉴别培养,从曲霉型发酵阶段的豆豉中筛选得到了一株产酒精的细菌。将这株菌株进行形态学和16sRNA分子生物学鉴定,最终确定该菌株为Rummeliibacillus stabekisii。之后...

麦芽糖及转运蛋白对游动放线菌生产阿卡波糖的影响

关键词: 阿卡波糖  游动放线菌  麦芽糖  abc转运蛋白  

阿卡波糖(Acarbose)作为α-葡萄糖苷酶抑制剂类药物,因其高效、安全而被广泛应用于2型糖尿病的治疗,工业上主要采用游动放线菌(Actinoplanes spp.)发酵生产。解析阿卡波糖生物合成过程中的分子机制并进一步提升产量是目前亟待解决的问题。本研究首先考察了不同麦芽糖浓度对阿卡波糖产量的影响,发现随着麦芽糖浓度提高,阿卡波糖产量呈先上升后下降...

沙雷氏菌S2 中铬还原酶的分离纯化与鉴定

关键词: 沙雷氏菌  铬还原酶  分离纯化  鉴定  

探讨沙雷氏菌S2中铬还原酶的分离纯化与鉴定的系统方法,利用从铬污染环境中筛选出的除铬菌沙雷氏菌S2,以超声破碎的方法提取细菌总蛋白,分别采用硫酸铵分级沉淀,Q-Sepharose H.P.琼脂糖凝胶阴离子交换层析和SephadexG-100凝胶过滤层析分离纯化铬还原酶。通过纯化,酶比活力显著提高到15.41 U/mg,且酶比活力的纯化倍数高达940倍。用葡聚糖凝胶过滤...

甲霜灵对映体对土壤微生物总体活性的选择性影响

关键词: 甲霜灵对映体  土壤微生物活性  对映体选择性  

采用室内模拟培养,研究了甲霜灵对映体对土壤基础呼吸、诱导呼吸的选择性影响,以及甲霜灵的两种异构体分别对土壤中脲酶活性和过氧化氢酶活性影响的差异性,探讨对土壤微生物总体活性的影响。甲霜灵对映体对土壤微生物总体活性均呈现相似的抑制-激活-恢复效应。土壤微生物抑制效应随着甲霜灵对映体浓度的增大而明显,即抑制存在剂量效应关系,在一...

温度与振荡速度对锌镉还原法测定硝酸盐还原率的影响

关键词: 硝酸盐测定  锌镉还原法  反应温度  振荡速度  

锌镉还原法是测定水质样品中硝酸盐含量最常用的方法,相对于铜镉还原法其优点是操作简单。目前该方法在海洋水质测定中的操作规程主要依据是《海洋调查规范:海水化学要素调查》(标准号:GB/T 12763.4-2007,以下简称《规范》),但该规范对操作过程中的多个实验条件给出的范围较为宽泛,难以保证还原率测定数据的可靠性。本研究基于《规范》给出的测...

离子交换树脂在厌氧己酸发酵过程中的应用

关键词: 离子交换  d201树脂  己酸  洗脱  

厌氧己酸发酵作为一种新型的有机废弃物资源化生物处理技术极具发展前景,但发酵体系中存在的己酸毒性限制了其生产强度。本研究利用离子交换树脂选择性吸附厌氧发酵液中的己酸,缓解对产己酸微生物的毒性,提高了己酸产率。首先采用静态吸附法对比5种树脂的吸附性能,选取了D201阴离子交换树脂,优化并确立了该树脂对己酸的解吸条件为30℃、1.0 mol/...

酵母双杂交筛选水稻OsJAG互作蛋白

关键词: 水稻  osjag  酵母双杂交  cdna文库  双分子荧光互补  

水稻OsJAG是一个重要的C2H2型锌指蛋白,在水稻花器官发育,特别是浆片和雄蕊的确定中具有关键作用,但与之相互作用的蛋白质却鲜有报道。本研究利用酵母双杂交方法,以OsJAG为诱饵蛋白,从水稻明恢86的幼穗cDNA文库中筛选到38个与OsJAG有相互作用的蛋白质,包括3个GDSL(Gly-Asp-Ser-Leu)脂酶家族成员(OsGELP95,OsGELP67和OsGELP6)、2个线粒体电压依赖...

罗布麻转录组数据的注释和黄酮合成相关基因的挖掘

关键词: 罗布麻  转录组  功能注释  黄酮类化合物  查尔酮异构酶  

罗布麻具有生态价值、药用价值和工业价值,但是核酸数据较少,阻碍了罗布麻分子生物学研究。本试验基于罗布麻转录组数据注释挖掘罗布麻中黄酮类化合物合成相关基因,为功能基因的挖掘奠定基础。本研究基于罗布麻转录组数据,通过拼接和组装,对罗布麻转录组进行了功能注释、黄酮合成相关基因的挖掘、查尔酮异构酶的克隆和分析以及SSR预测。通过对罗...

人参LCAT基因的生物信息学分析及其转化胡萝卜

关键词: 人参  卵磷脂甾醇酰基转移酶  胡萝卜  生物信息学分析  

水稻转录因子OsNAC52、OsMYB340和OsSNAC3基因克隆、表达与定位分析

关键词: 逆境  转录因子  osnac52  osmyb340  ossnac3  

转录因子对于植物抵抗逆境胁迫具有重要的作用。为了研究水稻(Oryza sativa)转录因子OsNAC52、OsMYB340和OsSNAC3对逆境胁迫的应答反应,本研究从水稻日本晴cDNA文库中PCR扩增得到OsNAC52、OsMYB340和OsSNAC3基因。利用Real-time PCR技术分析OsNAC52、OsMYB340和OsSNAC3基因250 mmol/L NaCl和42℃胁迫下的表达特性。通过构建瞬时表达载体并利用基...

梭梭HaNAC42 启动子的克隆及分析

关键词: 梭梭  hanac42  诱导型启动子  gus  瞬时表达检测  

根据实验室前期梭梭干旱和高温胁迫转录组测序数据,对响应干旱和高温的NAC基因进行筛选,分析发现HaNAC42在未胁迫和胁迫后的表达量都显著高于其他NAC基因,且该基因属于XND1亚组,可能参与木质部的分化。在克隆了HaNAC42基因后,本研究以梭梭基因组DNA为材料,采用染色体步移法克隆得到HaNAC42上游一段长度为1200 bp的启动子序列。运用Plant CARE启...

甜瓜CmERFII-9 基因在果实成熟中的功能分析

关键词: 甜瓜  转录因子  果实成熟  

乙烯应答因子(ethylene-responsive factors,ERFs)是仅在植物中存在的一类转录因子,调控许多重要的生理过程。为研究乙烯应答因子在甜瓜果实发育过程中的功能,本研究选择在甜瓜果实发育过程中高表达的CmERFII-9基因作为研究对象,克隆了其cDNA全长序列,长度为962 bp,包含完整的ORF序列。构建了CmERFII-9的超表达载体pPZP221-CmERFII-9和RNAi载体p...

香椿TsCAD1基因的克隆与非生物胁迫下的表达特性

关键词: 香椿  肉桂醇脱氢酶  tscad1  序列分析  表达分析  

肉桂醇脱氢酶(CAD)是木质素生物合成的关键酶之一,为探讨肉桂醇脱氢酶基因在香椿抵抗非生物胁迫方面发挥的作用,本研究从香椿转录组数据中筛选并克隆得到1个CAD基因,其开放阅读框为1068 bp,共编码355个氨基酸,结构域分析发现香椿CAD蛋白含有1个NADP(H)辅酶结构域,2个Zn结合位点,系统进化树分析表明香椿CAD与柑橘CAD1亲缘关系最近,将其命名为TsCA...

转胡杨PeBAK1;2基因烟草的获得及对丁香假单胞杆菌抗性的分析

关键词: 胡杨  pebak1  2  pst  dc3000  转基因烟草  量表达  

BAK1(BRI1-ASSOCIATED RECEPTORKINASE1)是油菜素内酯信号途径上具有重要功能的植物受体激酶,参与细胞信号转导的许多过程和调控植物生长发育,其在胡杨中的同源基因有2个,分别为PeBAK1;1和PeBAK1;2。本研究克隆了在胡杨中的其中一个同源基因PeBAK1;2,并在烟草中进行了超量表达,通过研究转基因株系对Pst DC3000的抗性表型,以及下游抗病相关基因的...

拟南芥原生质体瞬时表达系统检测病原菌蛋白激发子的免疫活性

关键词: 植物免疫  病原菌  激发子  原生质体瞬时表达  

激发子是一类能激活植物防卫反应的化合物,病原菌的某些分泌蛋白可作为激发子激活植物免疫。目前已有许多不同来源的植物免疫激发子被报道,但仍有大量的病原菌分泌型蛋白激发子尚未被鉴定,其触发的植物免疫信号转导途径尚不明确。本研究通过构建四种病原菌分泌蛋白激发子基因(稻瘟病菌MoHrip1及MoHrip2,大丽轮枝菌PevD1,核盘菌SsCut)瞬时表达载...

白菜中BrpR8 长非编码RNA 表达特性

关键词: 长非编码rna  白菜  种子萌发  环境应激应答  

为了研究白菜中BrpR8长非编码RNA的表达特性,本研究运用生物信息学、整体原位杂交及Northern blotting等方法,对BrpR8 lncRNA进行序列及二级结构特征、表达特性及应激应答特性分析。结果表明:BrpR8 lncRNA长度约261 nt,是白菜中发现的拟南芥AtR8 lncRNA(259 nt)的同源物,它具有RNA聚合酶Ⅲ转录物结构特征,在种子萌发阶段根伸长区特异表达,并响应...

豫西5 个刺槐能源林无性系幼龄期的碳分配动态

关键词: 刺槐  能源林  碳含量  生育期  

刺槐(Robinia pseudoacacia L.)是一种重要的木本能源树种,研究刺槐碳分配动态及品种效应有助于刺槐能源林最佳收获期及适宜发展品系的筛选。以豫西丘陵区的5个刺槐能源林品系83002、8048、8044、3-Ⅰ、84023为对象,研究了5个刺槐无性系不同器官碳含量及碳分配在不同生长发育时期的动态变化。发现刺槐不同器官平均碳含量大小排序为干>叶>枝>皮,...

慢性踝关节不稳定的骨质特征研究

关键词: 慢性踝关节不稳定  跗骨窦综合征  踝关节骨软骨损伤  踝关节肌腱损伤  距下关节不稳定  

基于对可能导致慢性踝关节不稳定相关病变的影像学分析,为了提升对足踝部的认识,避免漏诊,本研究回顾性分析了我院2016年1月至2019年4月126例行踝关节不稳患者的MSCT及MRI检查结果,获得的MSCT及MRI数据由两位放射科医师独立评估。结果显示:跗骨窦综合征患者其跗骨窦区软组织信号异常明显,存在跗骨窦组成骨骨挫伤、关节腔积液、关节下囊变、骨刺...

SIN-1在急性左心衰竭中的血流动力学效应的作用机制

关键词: 急性左心衰竭  血液动力学效应  

本研究利用有意识的清醒犬模拟急性左心衰竭加重的患者在急性和慢性静脉内给药后,其静脉扩张剂脉导(molsidomine)的活性代谢产物SIN-1的血液动力学效应。通过诱导血管计测量区域静脉电容变化,在氯醛糖麻醉期间研究对静脉的直接影响并分析左心室功能。将SIN-1诱导效应的动力学与硝酸甘油和硝酸异山梨酯诱导的效应进行比较。研究结果表明:平均推注...

AMPK抑制剂减轻脂多糖诱导的急性肺损伤

关键词: 腺苷酸活化蛋白激酶  compound  c  急性肺损伤  lps  

本研究通过观察腺苷酸活化蛋白激酶(AMP activated protein kinase,AMPK)抑制剂Compound C对急性肺损伤(acute lung injury,ALI)发生发展的影响,来探讨AMPK在ALI中的病理生理意义。研究中采取脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)腹腔注射诱导小鼠ALI,Compound C在腹腔注射LPS前30 min经腹腔注入。在LPS注射后18 h,处死动物、采集肺组织和血浆标本,通...

基于蛋白互作网络分析SNRPB在肝癌发生中的作用

关键词: 肝细胞癌  小核糖核蛋白相关蛋白b  蛋白互作网络  细胞周期  

本研究旨在探讨SNRPB影响肝细胞癌发生的分子机制及其与患者预后的关系。利用Oncomine数据库分析SNRPB基因在肝细胞癌中的表达水平,从GEO数据库GSE14520中筛选出与SNRPB共表达的基因,STRING构建蛋白互作网络,Cytoscape识别网络模块进行聚类分析,Kaplan-Meier法分析SNRPB基因表达与肝细胞癌预后的关系。Oncomine数据库中3个数据集均显示SNRPB在肝...

RSV感染患儿的血清细胞因子水平与体重、分娩方式和喘息的相关性

关键词: rsv感染  血清细胞因子  体重  分娩方式  喘息