16SrDNA序列分析在临床不常见细菌鉴定中的初步应用

宋金龙; 林勇平; 梁颖; 罗娅莎; 陈定强; 刘忠民 广州医科大学附属第一医院检验科; 广东广州510120; 广州医科大学附属第一医院转化医学研究实验室; 广东广州510120; 广东省中医院; 广东广州510105

关键词:16srdna 管家基因 不常见菌株 序列分析 

摘要:目的建立细菌16SrDNA序列分析技术并探讨其在临床不常见细菌鉴定中的应用价值。方法收集经全自动微生物分析系统鉴定其可靠率在99%及以上的常见细菌10株和常规方法难以鉴定或少见菌17株。通过PCR扩增16SrDNAv3.v4区基因片段并进行序列测定,序列与16SpathDB2.0数据库上已知细菌的16SrDNA序列进行比对分析确定细菌种属。当v3.v4序列片段不能明确鉴定细菌时,结合16SrDNA长片段测序及管家基因dnaJ和rpoB的序列做进一步分析。结果经16SrDNAv3.v4区序列分析,10株(100%)临床常见菌都能鉴定到种水平,其可靠性大于98.0%。17株不常见菌株中,10株(58.8%)细菌只与1种菌相似性大于98.0%,成功鉴定到单个种水平;6株(35.3%)细菌与不止1种菌的相似比大于98.0%;1株菌与已知菌相似性在96.0%~98.0%之间只能鉴定到属(棒状杆菌)。进一步结合16SrDNA长片段及管家基因dnaJ和rpoB的序列分析,所有菌株均可鉴定到单个种水平。结论结合16SrDNA和管家基因序列分析,可用于临床常见及不常见细菌的分子鉴定。

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