利用随机多肽文库研究ZO-1中PDZ3结构域的配体结合特点

郭佳岩; 宋婀莉; 黄海明; 马素参; 高友鹤 中国医学科学院基础医学研究所中国协和医科大学基础医学院,蛋白质组学研究中心,医学分子生物学国家重点实验室,北京100005

关键词:pdz3结构域 蛋白质相互作用 随机多肽文库 酵母双杂交 

摘要:建立一种研究PDZ结构域配体结合特点的简单方法,利用酵母双杂交技术从随机多肽文库中寻找所有可能与ZO-1中PDZ3结构域结合的C末端序列,从现有蛋白质数据库中检索所有具有该C末端蛋白,利用液体培养物β-半乳糖苷酶检测实验,比较文库中筛选的C末端序列和已知的PDZ3结构域结合配体——JAM的C末端(SFLV)与PDZ3结构域结合的强弱,共筛选到3个阳性克隆,其C末端序列分别为-LGWV、-LVWV和-DEWV,前2者属于第二类PDZ结构域,后者属于第三类,蛋白质数据库检索结果表明,有多个蛋白质具有-LGWV、-LVWV末端,没有检索到任何具有-DEWV末端的蛋白质,结合强度实验结果表明,它们与PDZ3结构域结合强度依次为-DEWV>-LGWV>-LVWV>-SFLV,说明筛选的3个C末端除了反映ZO-1中PDZ3结构域可能的潜在结合配体外,也有可能成为JAM蛋白阻断性试剂甚至药物的重要组成部分之一,利用随机多肽文库,可以尽可能寻找所有可能与PDZ结构域结合的C末端序列,大大提高了基因文库筛选的效率。

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